La colaboración con el CIDETIC en la interdisciplina Bioinformática surge a partir de un proyecto de articulación con el Centro de Investigación, Docencia y Extensión (PI – CIDE) de la convocatoria 2019.
Resumen del Proyecto
Las nuevas tecnologías de secuenciación masiva de ácidos nucleicos, y su consecuente disminución en el costo, han permitido que la investigación en el área de la genómica y la transcriptómica tenga mayor alcance, demandando a su vez investigadores en la interdisciplina bioinformática. RNA-Seq es una herramienta muy utilizada para el estudio de transcriptomas, especialmente de organismos no modelo, como son las plantas medicinales. El estudio del transcriptoma brinda información acerca de la expresión de genes de un tejido específico bajo una determinada condición. Sin embargo, la versión del transcriptoma obtenido puede ser muy variable dependiendo de las herramientas utilizadas en el procesamiento del producto de la secuenciación. El objetivo de este proyecto es investigar las herramientas de procesamiento (limpieza de reads y ensamblado de novo) mediante su aplicación en datos de RNA-Seq de especies de plantas medicinales, con el fin de obtener un transcriptoma de cada especie que oficie como secuencia de referencia.
Integrantes del Grupo de Investigación:
Directores:
- Directora: Dra. Sabrina M. Costa Tártara (CONICET – UNLu)
- Co-Director: Dr. Gabriel Tolosa (UNLu)
Integrantes investigadores
- Dra. María Marcela Manifesto (INTA)
- Dra. Carla Marcela Arizio (INTA – UNLu)
- Lic. Juan Manuel Crescente (CONICET – INTA)
Integrantes estudiantes
- Srta. Claudia Reinaudi (UNLu)
- Sr. Julian Maggio (UNLu)
Resultados
Como resultado de este proyecto, dos estudiantes hicieron su tesina para optar por el título de grado:
- Tesina de grado presentada para optar al título de Licenciada en Sistemas de Información:
Estudiante: Claudia P. Reinaudi
Título: “Eficiencia en el ensamblado De Novo de secuencias de RNA-Seq. Estudio de la performance de algoritmos.”
Directora: Dra. Ing. Agr. Sabrina Costa Tártara
Co-director: Dr. Lic. en Sistemas de Información Gabriel Tolosa
Fecha de defensa: 02/10/2020
Calificación: 10 (diez).
- Tesina de grado para optar al título de Licenciado en Ciencias Biológicas:
Estudiante: Julián Maggio
Título: “Evaluación de ensamblados de RNA-Seq de Manzanilla (Matricaria chamomilla) para la definición de un flujo de trabajo en la construcción de transcriptomas de Novo.”
Directora: Dra. Ing. Agr. Sabrina Costa Tártara
Co-directora: Dra. Laura García (IBAM-CONICET, Mendoza).
Además el estudiante Julián Maggio, que actualmente es doctorando del Programa de Doctorado en Cs Aplicadas de la UNLu en un tema que tiene como eje central la Bioinformática, como estudiante tuvo una beca EVC – CIN (2020) de inicio a la Investigación.
Durante el desarrollo del proyecto se avanzó en la realización de un Convenio de Cooperación Técnica entre la Universidad Nacional de Luján a través del CIDETIC y el Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria a través del Instituto de Recursos Biológicos del Centro de Investigación en Recursos Naturales (RESHCS-LUJ: 223-21) (ya terminado) que dió el marco para la vinculación entre el Lic. Alexander Rivero y el CIDETIC que involucra la utilización de los recursos físicos y el uso de herramientas de Bioinformática, muchas de ellas implementadas durante el proyecto. Esa colaboración ya está finalizada.
En la línea que se venía trabajando decidimos presentarnos a la convocatoria PICT-UNLu 2021 obteniendo un subsidio que nos permitió obtener productos de secuenciación propios y continuar fortaleciendo la práctica y enseñanza de técnicas de Bioinformática para el análisis de datos genómicos.
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